Почему на одной материнской плате работают только 6 видеокарт, а на другой все 8. Все дело в числе линий и их колличестве на порт.

Смотрим даташиты на сайте Интела.

z170 chipset datasheet

Идем смотреть форумы.

https://forum.z.cash/t/are-z170-boards-a-lost-cause/8639/7

Z170 boards are shit, max 4 GPUs on those

https://forum.z.cash/t/are-z170-boards-a-lost-cause/8639/8

You can run at least 5 GPUs on Z170 but it may require some BIOS setting changes. I had a lot of kernel panics, boot failures, etc until I enabled 64-bit PCI-e addressing, disabled USB3.1/thunderbolt and forced PCI-e Gen2 on the CPU links and PCI-e Gen1 on the chipset links. YMMV of course as each board is different.

Похоже на правду, 4 видеокарты = PCIe # 6, 7, 8, 11. Остальные линии заняты USB, SATA контоллерами и встроенной сетевой картой.

h81 chipset datasheet

6 видеокарт = PCIe # 3, 4, 5, 6, 7, 8.

С чипсетом 5520 и Supermicro X8DTH-IF все интересней.

Т.е. у Supermicro X8DTH-IF два чипсета 5520, у каждого по 4x8+2x2=36, всего 72 линии.
Всего 7 PCI-E портов и в каждом по 8 линий.